Esta ermita es el edificio más antiguo que se conserva en
todo el recinto. Fue construida alrededor del año 1649 por
deseo de Luis Lasso de la Vega, vicario de Guadalupe, famoso por ser
quien, por primera vez, diera a las imprentas el Nican Mopohua, la
narración náhuatl de las apariciones de la Virgen de
Guadalupe escrita por Antonio Valeriano. Se le conoce como “de
indios” pues aquí, en el lugar donde según la
tradición vivió Juan Diego sus últimos años,
se estableció una cofradía de indígenas en 1679.
Durante algunos años del siglo XX y después de haber
albergado al ayate de Juan Diego (1695-1709) y al estandarte con el
que el cura Hidalgo inició la guerra de Independencia (1853-1896),
permaneció sin una techumbre que cubriera su interior de las
inclemencias del tiempo. Gracias a la labor de un grupo de sacerdotes,
se logró restaurar en 1998, año del 450 aniversario
de la muerte de Juan Diego.

En la sacristía ubicada del lado derecho del altar, es posible
ver parte de los cimientos de las dos primeras ermitas construidas
en el Tepeyac para cumplir el deseo de la Virgen de Guadalupe: aquella
levantada por el obispo Zumárraga en 1531 y la del obispo Montúfar
en 1556. La tercera iglesia dedicada a la Virgen, conocida como “la
del artesonado” por su techo de madera ricamente decorado y
de la que ya no queda resto alguno, fue levantada alrededor de 1622
en el lugar que hoy ocupa el antiguo convento de las madres Capuchinas.